Vous exercez la médecine en libéral et vous voulez une comptabilité irréprochable, une fiscalité maîtrisée et une structure adaptée à vos revenus ? En effet, la comptabilité d’un médecin obéit à ses propres règles : bénéfices non commerciaux, déclaration 2035, secteur conventionnel, CARMF, choix de la SEL. Ce guide fait le point clairement. Par ailleurs, il montre comment un expert-comptable médecin transforme ces contraintes en véritables leviers d’optimisation.
Vous voulez optimiser la fiscalité et la structure de votre activité médicale ?
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Sommaire
1. La comptabilité du médecin : régime BNC et déclaration 2035
Les honoraires d’un médecin libéral relèvent des bénéfices non commerciaux (BNC), imposés à l’impôt sur le revenu. Deux régimes coexistent.
- Le micro-BNC. Il s’applique tant que vos recettes ne dépassent pas 83 600 € (seuil 2026-2028), avec un abattement forfaitaire de 34 %. Aussi, aucune charge réelle n’est déductible.
- La déclaration contrôlée (2035). Au-delà du seuil — ou sur option — vous déclarez au réel et déduisez vos charges effectives. C’est le cas de la grande majorité des médecins, et c’est souvent bien plus avantageux dès que les charges sont significatives.
À noter : l’adhésion à une association de gestion agréée (AGA) n’est plus nécessaire pour éviter une majoration fiscale (supprimée), ni pour la réduction d’impôt sur les frais de comptabilité (supprimée par la loi de finances 2025). Toutefois, elle conserve un intérêt pour la sécurité (examen de conformité fiscale), à arbitrer au cas par cas.
2. Secteur 1, secteur 2 : un impact direct sur vos cotisations
Par ailleurs, votre conventionnement détermine en partie vos charges sociales.
- Secteur 1 (tarifs conventionnés). L’Assurance maladie prend en charge une part de vos cotisations sociales (avantages sociaux, dont l’ASV). En contrepartie, vos tarifs sont encadrés.
- Secteur 2 (honoraires libres). Vous fixez vos dépassements, mais vos cotisations ne sont pas prises en charge et sont donc plus lourdes.
Ainsi, ce choix a des conséquences sociales et fiscales concrètes que votre expert-comptable médecin chiffre précisément.
3. La TVA du médecin : une exonération à connaître
Les actes de soins à la personne sont exonérés de TVA (article 261-4-1° du CGI). La majeure partie de votre activité ne facture donc pas de TVA. Attention toutefois aux activités accessoires non thérapeutiques (certaines expertises, actes esthétiques non remboursés, locations) qui peuvent, elles, être taxables. Votre expert-comptable sécurise cette frontière.
4. Les charges déductibles du médecin (déclaration contrôlée)
Par ailleurs, en déclaration contrôlée, de nombreuses charges sont déductibles. En voici les principales.
- Cotisations sociales obligatoires (URSSAF, CARMF) et épargne retraite déductible (PER, Madelin).
- Matériel médical, petit équipement, blouses et consommables.
- Loyer du cabinet, rétrocessions d’honoraires aux remplaçants, frais de remplacement.
- Formation continue (DPC), documentation, assurance responsabilité civile professionnelle (RCP).
- Véhicule et déplacements professionnels, selon les règles applicables.
5. La retraite : la CARMF
Les médecins libéraux cotisent à la CARMF (régime de base, complémentaire, et ASV pour le secteur 1). Toutefois, ces cotisations peuvent être lourdes: les anticiper, et compléter avec un PER ou un contrat Madelin, produit un double effet — préparer la retraite tout en réduisant le bénéfice imposable.
6. Quelle structure d’exercice ? Le cœur de l’optimisation
- Exercice individuel (BNC). Simple, mais l’intégralité du bénéfice est soumise à l’IR et aux cotisations, sans pilotage possible.
- SCM (société civile de moyens). Partage des moyens (locaux, secrétariat, matériel) entre praticiens, sans partage des honoraires. Idéale pour mutualiser les charges.
- Exercice en commun avec mise en commun des bénéfices.
- Pour détenir les murs du cabinet et séparer le patrimoine immobilier de l’exploitation.
- SEL (SELARL, SELAS). Exercice en société soumise à l’IS : vous pilotez l’arbitrage rémunération / dividendes, lissez votre imposition et préparez la transmission. C’est souvent le levier décisif quand les revenus deviennent élevés.
7. BNC ou SEL : l’arbitrage clé
Tant que vos revenus restent modérés, la déclaration contrôlée (BNC) suffit. Toutefois, dès que votre bénéfice dépasse nettement votre besoin de revenu et que votre tranche marginale d’imposition mord, la SEL (à l’IS) permet de ne plus tout subir à l’IR et aux cotisations : vous arbitrez entre rémunération et dividendes, et vous capitalisez dans la société. Enfin, l’arbitrage dépend de votre TMI, de vos besoins et de votre horizon — c’est un calcul sur mesure.
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8. Pourquoi choisir un expert-comptable pour médecin
Au-delà de la tenue de votre 2035, un expert-comptable qui connaît les médecins vous apporte l’essentiel : le choix de la structure adaptée, l’optimisation de votre rémunération, le pilotage de vos cotisations et de votre retraite, la sécurisation de la TVA et l’anticipation de la transmission. Ainsi, c’est exactement l’accompagnement que propose KYONOS aux praticiens libéraux.
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Vos questions fréquentes
Un médecin doit-il facturer la TVA ?
Non, en règle générale : les actes de soins à la personne sont exonérés de TVA. Toutefois, seules certaines activités accessoires non thérapeutiques peuvent être taxables.
Quelle comptabilité du médecin: micro-BNC ou déclaration 2035 ?
Au-delà de 83 600 € de recettes, la déclaration contrôlée s’impose. Par ailleurs, et même en deçà, elle est souvent plus avantageuse dès que vos charges réelles dépassent l’abattement forfaitaire de 34 %.
Faut-il adhérer à une AGA ?
Ce n’est plus obligatoire pour un avantage fiscal : la majoration des non-adhérents et la réduction d’impôt sur les frais de comptabilité ont été supprimées. Cependant, l’adhésion garde un intérêt pour la sécurité fiscale, à arbitrer.
Quand passer en SEL ?
Lorsque votre bénéfice dépasse durablement votre besoin de revenu et que votre TMI est élevée. Ainsi, le passage se décide sur un calcul personnalisé — c’est l’un des premiers points qu’on regarde ensemble.
Conclusion
En définitive, la comptabilité d’un médecin n’est pas qu’une obligation déclarative : bien pilotée, elle devient un outil d’optimisation de vos revenus et de votre patrimoine. C’est pourquoi un expert-comptable médecin vous aide à choisir la bonne structure au bon moment, sans attendre que la fiscalité ne pèse.
